Coccoloba uvifera (uva de mar) Distribución potencial usando MaxEnt, en la región costera del Golfo de México y mar Caribe (Mendoza-González et al., 2015)

Catálogo de metadatos geográficos. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

Autor: Mendoza-González, G., M. L. Martínez, O. Rojas-Soto, I. Arias-Del Razo, (2015)

Palabras clave: 2015, Coccoloba uvifera, Distribución potencial, Ecología, JM027, Maxent, Modelo, vegetación de duna costera

Fecha de publicación: 29-05-2015, del metadato 29-05-2015

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  1. Información de identificación
    1. Referencia
      Información de referencia:
      Autor:
      Mendoza-González, G., M. L. Martínez, O. Rojas-Soto, I. Arias-Del Razo, (2015). 'Coccoloba uvifera (uva de mar). Distribución potencial usando MaxEnt, en la región costera del Golfo de México y mar Caribe', escala: 1:1000000. edición: 1. Instituto de Ecología A. C. Proyecto: JM027, Patrones de distribución de la vegetación costera en el Golfo de México y mar Caribe. El Proyecto fue financiado por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO). México, D.F.
      Fecha de publicación:
      29-05-2015
      Nombre del producto:
      Coccoloba uvifera (uva de mar) Distribución potencial usando MaxEnt, en la región costera del Golfo de México y mar Caribe (Mendoza-González et al., 2015)
      Formato de representación geográfica:
      Shapefile. Formato vectorial compuesto por 4 archivos (shp, shx, dbf,prj)
      Información complementaria:
      Escala: 1:1000000
      Acceso en línea:
      http://www.conabio.gob.mx/informacion/metadata/gis/cuv027dpmgw.xml?_httpcache=yes&_xsl=/db/metadata/xsl/fgdc_html.xsl&_indent=no
    2. Descripción
      Resumen:
      El modelo de distribución potencial de Coccoloba uvifera, se elaboró dentro del proyecto JM027 Patrones de distribución de la vegetación costera en el Golfo de México y mar Caribe, apoyado por CONABIO. El objetivo fue estimar la distribución potencial de esta especie, utilizando como datos geográficos los registros obtenidos del Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad de CONABIO (SNIB) y del Herbario del Instituto de Ecología, A.C. (IE-XAL). Se utilizaron 19 variables climáticas obtenidas del Global Climate Data (WorldClim) a una resolución espacial de 1km cuadrado. Para generar el modelo utilizamos el software MaxEnt 3.3. Posteriormente realizamos un mapa binario en el programa ArcView 3.2 y definimos el límite de corte con el valor del 'minimun training precense' que arroja el modelo.
      Propósito:
      Estimar la distribución potencial de Coccoloba uvifera
      Información suplementaria:
      Referencias en la web: http://www.conabio.gob.mx/institucion/cgi-bin/datos2.cgi?Letras=JM&Numero=27
    3. Periodo de validez de los datos
      Fecha y hora:
      No aplica
      Vigencia:
      1953 - 2005
    4. Estado de la información
      Progreso:
      Terminado
      Mantenimiento:
      No planeado
    5. Dominio espacial
      Descripción de la extención geográfica:
      Costa de Golfo de México y mar Caribe
      Coordenadas extremas:
      (Oeste) -98.0200271606445, (Este) -86.7116851806641, (Norte) 26.5509834289551, (Sur) 17.5009822845459
    6. Palabras clave
      Tema:
      2015, Coccoloba uvifera, Distribución potencial, Ecología, JM027, Maxent, Modelo, vegetación de duna costera
      Lugar:
      Belize, Campeche, Estados Unidos de América, Golfo de México, Quintana Roo, República Mexicana, Tabasco, Tamaulipas, Veracruz de Ignacio de la Llave, Yucatán
    7. Taxonomía
      Palabras clave:
      Tema: Magnoliopsida, Polygonales, Polygonaceae, Coccoloba, Coccoloba uvifera, uva de mar, uva de playa, carnero, manzana, roble de la costa, uvero, uvero de mar, ni' che', kiiché, baygrape, sea grape, raisinier bord de mer, choschogo, coccoloba, uva, uva cimarrona, uva de la costa.
      Sistema taxonómico:

      Clasificación:

      Fuente:

      • ' Integrated Taxonomic Information System'

        20140000. ITIS, (2014), ' Integrated Taxonomic Information System', versión: 1, Integrated Taxonomic Information System, http://www.itis.gov.

      Procedimiento taxonómico: No conocido

      Clasificación:

      Plantae: Magnoliophyta: Magnoliopsida: Polygonales: Polygonaceae: Coccoloba: (, , , , , , , , , , , , , , , , )

    8. Herramienta de análisis
    9. Condiciones de acceso
      Sin restricciones
    10. Condiciones de uso

      Importante:

    11. Contacto
    12. Vista previa
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/20/cuv027dpmgw
      Descripción:
      171 x 132 píxeles
      Formato:
      image/png
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/96/cuv027dpmgw
      Descripción:
      1002 x 774 píxeles
      Formato:
      image/png
    13. Créditos y reconocimientos
    14. Restricciones de uso
    15. Sistema nativo
      ArcView 3.2, ArcGis 9.3, Maxent 3.3k (Maximum Entropy Species Distribution Modeling) y DELL XPS 8700, Intel Corei7-4770, 3.40GHz, RAM 12.0, Windows 8 Single Language, SO 64 bits, procesador x64
    16. Documentos relacionados

      Coccoloba uvifera (uva de mar) Registros de presencia usados para elaborar el mapa de distribución potencial, en la región costera del Golfo de México y mar Caribe (Mendoza-González et al., 2015)

      Archivo de descarga compactado en ZIP. Contiene ESRI Shapefile (SHP) en Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326).

      Coccoloba uvifera (uva de mar) Registros de presencia usados para elaborar el mapa de distribución potencial, en la región costera del Golfo de México y mar Caribe (Mendoza-González et al., 2015)

      Acceso directo al mapa en el Geoportal de CONABIO. Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326)

      Página de enciclovida para Coccoloba uvifera a nivel de especie

      Enlace por idcatalogo 30791ANGIO en http://enciclovida.mx/especies/

  2. Calidad de la información
    1. Precisión de los atributos no espaciales
    2. Consistencia lógica
      Gabinete
    3. Cobertura del tema
      Los mapas generados para modelar la distribución potencial de Coccoloba uvifera, se elaboraron a partir de la depuración de las bases de datos obtenidas del Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad de CONABIO (SNIB) y del Herbario del Instituto de Ecología, A.C. (IE-XAL). Para generar el modelo utilizamos el software Maxent 3.3k y el sistema de información geográfica ArcView 3.2 para realizar los distintos procesos en la elaboración del dato geográfico de distribución potencial de la especie. Se utilizaron las localidades únicas. Se utilizaron 19 variables climáticas obtenidas del Global Climate Data (WorldClim) a una resolución espacial de 1km cuadrado. Se definió el área geográfica de accesibilidad de la especie (M) a partir de un búfer de 10 km sobre la línea de costa; Se empleó el método AUC parcial como método de evaluación global del modelo. Se obtuvo un mapa boleano (0 y 1) que se definió de acuerdo con el valor de Logistic threshold del minimum training presence.
    4. Precisión de los atributos espaciales
    5. Procesamiento

      Fuentes:

      • Hijmans, R. J., S. E. Cameron, J. L. Parra, P. G. Jones, A. Jarvis, (2005), 'Global Climate Data', Escala 1:1000000. versión: 1.4, WorldClim, University of California, Berkeley. U.S.A. Para información de los métodos usados para generar las capas climáticas, las unidades y formato de los datos favor de revisar el siguiente artículo: Hijmans, R.J., S.E. Cameron, J.L. Parra, P.G. Jones and A. Jarvis, 2005. Very high resolution interpolated climate surfaces for global land areas. International Journal of Climatology 25: 1965-1978., http://www.worldclim.org/

      • ESRI, (2000), 'World Countries', Escala 1:15000000. Environmental System Research Institute, Inc., Redlands, California, USA.http://www.esri.com/.

      • Mendoza-González, G., M. L. Martínez, O. Rojas-Soto, I. Arias-Del Razo, (2015), 'Patrones de distribución de la vegetación costera en el Golfo de México y mar Caribe', versión: 1, Instituto de Ecología A.C., México, D.F. Bases de datos SNIB-CONABIO, proyecto No. JM027., http://www.conabio.gob.mx/institucion/cgi-bin/datos2.cgi?Letras=JM&Numero=27

      Procedimientos:

      • No aplica: Se obtuvieron y depuraron las bases de datos de CONABIO y IE-XAL. Se eliminaron los registros que no tenían ubicación geográfica, los que estaban duplicados entre las bases de datos, los que se encontraban fuera del área del interés (el Atlántico Mexicano) y los que eran inconsistentes con la distribución de la especie (registros tierra adentro o fuera del rango de su distribución), este proceso se realizó a partir de la eliminación de los registros ubicados a más de 10 km (tierra adentro) sobre la línea de costa, considerando que esta especie es costera. Debido a que varios de los registros de presencia se ubicaron en el mar, fue necesario modificar su ubicación al pixel más cercano del límite de las variables climáticas, para que formaran parte del set de datos utilizados en el modelado, porque son puntos correctos. Los registros de presencia con las siguientes coordenadas latitud y longitud: -97.364528 20.987766, -90.444678 20.704023, -90.443490 20.706581, -90.443337 20.704967, -88.314552 18.524501, -87.753549 21.527718, -87.387784 21.511801, -87.384676 21.508567, -86.782064 21.481039, -86.781231 21.478261, -86.719966 21.216966 y -86.717436 21.217329, se usaron para modelar la especie, pero no se encuentran la base DarwinCore del proyecto. Se utilizaron las 19 variables climáticas disponibles de la base de datos WorldClim. El área geográfica de accesibilidad de la especie (M) fue definida a partir de un búfer de 10 km sobre la línea de costa, dado que las dunas costeras en general no abarcan más allá de 10 km. Utilizamos el software Maxent 3.3 con la configuración pre-determinada del algoritmo. Para correr el modelo con las siguientes especificaciones:128 puntos para generar el modelo y 30 para validarlo (81% entrenamiento y 19% validación). Posteriormente con el valor de Logistic threshold del minimum trining presence (0.107 - 1, es el valor que indica la probabilidad de presencia de la especie, 0 indica una nula probabilidad de presencia ya que ningún modelo predice dicha distribución) realizamos un mapa binario (0-1) para generar los modelos en el programa ArcView 3.2. Para evaluar el modelo se utilizó el análisis ROC parcial (Partial Receiver Operating Characteristic; Peterson et al. 2008). El análisis ROC parcial se llevó a cabo usando el paquete estadístico Tool for Partial ROC desarrollado por Barve (2008), donde los modelos producidos son comparados con expectativas nulas (modelos generados de manera aleatoria). Dicho paquete se configuró para realizar 1000 repeticiones y se estableció un umbral 1-E de 0.95 para el eje y (Peterson et al. 2008; Saupe et al. 2011). El valor de Ratio obtenido indica un pobre desempeño si el valor es igual o menor que uno, y un buen desempeño conforme el valor se aleja de uno y se acerca a dos. En el caso de Coccoloba uvifera el valor promedio del Ratio para las 1000 iteraciones fue de 1.328 con un valor de p < 0.001.

    6. Porcentaje del área de estudio cubierta por nubes
  3. Atributos espaciales
    1. Representacion espacial
    2. Método de representacion espacial
      Vector
    3. Información de vectores y puntos
      Descripción SDTS (Spatial Data Transfer Standard - Spatial Data Concepts):
      Tipo de objetos punto y vectores:
      G-polygon
      Número de puntos o vectores:
      778
    4. Información de imágenes
  4. Sistema de referencia
    1. Sistema de coordenadas (horizontal)
      Geográficas:
      Resolución de la latitud:
      0.0174532925199433
      Resolución de la longitud:
      0.0174532925199433
      Unidades de las coordenadas Geográficas:
      Decimal degrees
      Modelo geodésico:
      Datum horizontal:
      WGS84
      Elipsoide:
      WGS84
      Semieje mayor:
      6378137.000000
      Denominador del factor de achatamiento:
      298.257224
    2. Sistema de coordenadas (vertical)
  5. Atributos no espaciales
    1. Descripción detallada

      Nombre: CUV027DPMGW.DBF

      Definición: Es la base de las entidades geográficas, está constituido por campos y registros. Contiene valores de 0 (ausencia) y 1 (presencia) que indican la probabilidad de presencia de la especie.

      Fuente: No conocido

      Atributo Descripción Fuente [1] Dominio [2] Precisión [3]
      Value Numérico Datos del proyecto 0 ausencia de especie, 1 presencia de la especie -
    2. Descripción resumida
  6. Distribución de la información
    1. Información de contacto

      Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica

      ssig@conabio.gob.mx

      Subcoordinador de Sistemas de Información Geográfica


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 50045012 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    2. Nombre de referencia
      cuv027dpmgw
    3. Responsabilidad
      La Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica de la CONABIO solo se hace responsable de la información presentada en el mapa y se deslinda del uso que se le de a la misma.
    4. Medios de distribución

      Digitales:

      Precio: Acceso libre sin ningún cargo al público en general.

    5. Medios de distribución especiales
    6. Requisitos técnicos
      Tener Arc-Info, Arcview o sistemas compatibles con archivos tipo raster (Arc/Info), en caso que existan se pueden visualizar en Google Earth KML y/o conexión al servicio WMS.
    7. Disponibilidad
  7. Acerca de este documento
    1. Fecha de creación o última actualización
      29-05-2015
    2. Fecha de última revisión
    3. Fecha de la siguiente revisión
    4. Información de contacto

      Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica

      ssig@conabio.gob.mx

      Administrador de Metadatos


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 01 55 5004 5012 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    5. Nombre del estándar de contenido
      FGDC Biological Data Profile of the Content Standard for Digital Geospatial Metadata
    6. Versión del estándar de contenido
      FGDC-STD-001.1-1999
    7. Uso horario
    8. Condiciones de acceso
    9. Condiciones de uso
    10. Restricciones de seguridad o privacidad
    11. Extensiones
COMISIÓN NACIONAL PARA EL CONOCIMIENTO Y USO DE LA BIODIVERSIDAD

Av. Liga Periférico – Insurgentes Sur No. 4903. Col. Parques del Pedregal. Del. Tlalpan. 14010. México, DF. Tel. (55) 5004-5018 y (55) 5004-4938. Correo electrónico ssig@conabio.gob.mx

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