Psittacara holochlorus (perico mexicano). Distribución potencial histórica con MaxEnt.(Monterrubio-Rico y Charre-Medellín, 2015)

Catálogo de metadatos geográficos. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

Autor: Monterrubio-Rico, T. C., J. F. Charre-Medellín, (2015)

Palabras clave: 2015, Distribución potencial histórica, JM018, Psitácidos, Psittacara holochlorus

Fecha de publicación: 15-06-2015, del metadato 15-06-2015

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  1. Información de identificación
    1. Referencia
      Información de referencia:
      Autor:
      Monterrubio-Rico, T. C., J. F. Charre-Medellín, (2015). 'Psittacara holochlorus (perico mexicano). Distribución potencial histórica con MaxEnt.', escala: 1:1000000. Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo. Proyecto: JM018, Distribución potencial de las especies de la familia Psittacidae en México. El Proyecto fue financiado por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO). México.
      Fecha de publicación:
      15-06-2015
      Nombre del producto:
      Psittacara holochlorus (perico mexicano). Distribución potencial histórica con MaxEnt.(Monterrubio-Rico y Charre-Medellín, 2015)
      Formato de representación geográfica:
      Shapefile. Formato vectorial compuesto por 4 archivos (shp, shx, dbf,prj)
      Información complementaria:
      Escala: 1:1000000
      Acceso en línea:
      http://www.conabio.gob.mx/informacion/metadata/gis/pho018dphgw.xml?_httpcache=yes&_xsl=/db/metadata/xsl/fgdc_html.xsl&_indent=no
    2. Descripción
      Resumen:
      El modelo de distribución potencial histórica de Psittacara holochlorus, se elaboró dentro del proyecto JM018 'Distribución potencial de las especies de la familia Psittacidae en México', el objetivo fue estimar la distribución potencial histórica de la especie, utilizando como datos geográficos digitales, los sitios de observación o recolecta georeferenciados obtenidos por el Laboratorio de Ecología de Vertebrados Terrestres Prioritarios de la Facultad de Biología de la Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, bibliografía especializada, colaboradores, The Global Biodiversity Information Facility y Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad de la CONABIO, además de 16 variables climáticas de WORDCLIM a una resolución espacial de 1 kilómetro cuadrado. Ambos conjuntos de datos fueron incorporados en el programa MaxEnt 3.3.3. para generar el modelo, el cual fue importado al programa ArcGis 9.3 para eliminar las áreas de sobreestimación.
      Propósito:
      Modelar la distribución potencial histórica de Psittacara holochlorus con MaxEnt.
      Información suplementaria:
      Del número de sitios utilizados para modelar, 2 se encuentran fuera de la región M. Referencias en la web: http://www.conabio.gob.mx/institucion/cgi-bin/datos2.cgi?Letras=JM&Numero=18
    3. Periodo de validez de los datos
      Fecha y hora:
      No aplica
      Vigencia:
      1888-2013
    4. Estado de la información
      Progreso:
      Terminado
      Mantenimiento:
      No planeado
    5. Dominio espacial
      Descripción de la extención geográfica:
      República Mexicana
      Coordenadas extremas:
      (Oeste) -109.573364257812, (Este) -91.3900299072266, (Norte) 29.5430297851562, (Sur) 14.6263618469238
    6. Palabras clave
      Tema:
      2015, Distribución potencial histórica, JM018, Psitácidos, Psittacara holochlorus
      Lugar:
      Coahuila de Zaragoza, Chiapas, Chihuahua, Durango, Guanajuato, Guatemala, Hidalgo, Nuevo León, Oaxaca, Puebla, Querétaro, República Mexicana, San Luis Potosí, Sinaloa, Sonora, Tamaulipas, Veracruz de Ignacio de la Llave
    7. Taxonomía
      Palabras clave:
      Tema: Aves, Psittaciformes, Psittacidae, Psittacara, Psittacara holochlorus, perico mexicano
      Sistema taxonómico:

      Clasificación:

      Fuente:

      • 'Checklist of North American Birds, 7th Edition'

        19980000. AOU, (1998), 'Checklist of North American Birds, 7th Edition', versión: 7, The American Ornithologist Union, Kansas, USA.

      Procedimiento taxonómico: No conocido

      Cobertura taxonómica:
      Psittacidae
      Clasificación:

      Animalia: Chordata: Aves: Psittaciformes: Psittacidae: Psittacara: ()

    8. Herramienta de análisis
    9. Condiciones de acceso
      Sin restricciones
    10. Condiciones de uso

      Importante:

    11. Contacto
    12. Vista previa
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/20/pho018dphgw
      Descripción:
      171 x 132 píxeles
      Formato:
      image/png
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/96/pho018dphgw
      Descripción:
      1002 x 774 píxeles
      Formato:
      image/png
    13. Créditos y reconocimientos
    14. Restricciones de uso
    15. Sistema nativo
      SIG ArcView, Windows 7 Home Premiun 64 bits
    16. Documentos relacionados

      Psittacara holochlorus (perico mexicano) en México. Registros de presencia usados para elaborar el mapa de distribución potencial (Monterrubio et al. 2015)

      Archivo de descarga compactado en ZIP. Contiene ESRI Shapefile (SHP) en Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326).

      Psittacara holochlorus (perico mexicano) en México. Registros de presencia usados para elaborar el mapa de distribución potencial (Monterrubio et al. 2015)

      Acceso directo al mapa en el Geoportal de CONABIO. Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326)

      Página de enciclovida para Psittacara holochlorus a nivel de especie

      Enlace por idcatalogo 19896AVES en http://enciclovida.mx/especies/

  2. Calidad de la información
    1. Precisión de los atributos no espaciales
    2. Consistencia lógica
      Gabinete
    3. Cobertura del tema
      Se integró una base de datos de Psittacara holochlorus, que fue revisada geográfica y ambientalmente para eliminar los registros que no coincidieran con lo reconocido para la especie. El conjunto de coordenadas fue dividido en dos subconjuntos siguiendo un criterio de bandas latitudinales para así obtener un subconjunto para modelar y otro para validar. El área a modelar (m) se obtuvo con base en la dispersión geográfica de los datos y su asociación a cuencas hidrológicas. Las cuencas que se usaron son: Río Yaqui, Río Mayo, Río Fuerte, Presa Falcón-Río Salado, Río Nazas-Torreón, Río Sinaloa, Presa Lázaro Cárdenas, Río Bravo-San Juan, Lago de Mayrán y Viesca, Río Culiacán, Río Mocorito, Río San Fernando, Río Nazas-Rodeo, Laguna Madre, San Pablo y otras, Río San Lorenzo, Laguna Madre, Soto La Marina, Río Tamesí, La Tula, Lago de San Andrés-Lago Morales, Río Tamuín, Río Pánuco, Laguna de Tamiahua, Río Moctezuma, Río Tuxpan, Río Cazones, Río Tecolutla, Río Nautla y otros, Río Jamapa y otros, Río Papaloapan, Río Coatzacoalcos, Río Grijalva-Tuxtla Gutiérrez, Río Lacantún, Río Tehuantepec, Laguna Superior e Inferior, Río Grijalva-Concordia, Mar Muerto, Río Astata y otros, Río Pijijiapan y otros, Río Huixtla y otros, y Río Suchiate y otros. Se usaron las variables climáticas de Worldclim con correlación promedio menor a 25%, que en este caso fueron oscilación diurna de la temperatura, isotermalidad, estacionalidad de la temperatura, temperatura máxima promedio del periodo más cálido, oscilación anual de la temperatura, temperatura promedio del trimestre más lluvioso, temperatura promedio del trimestre más seco, temperatura promedio del trimestre más cálido, precipitación anual, precipitación del periodo más lluvioso, precipitación del periodo más seco, estacionalidad de la precipitación, precipitación del trimestre más lluvioso, precipitación del trimestre más seco, precipitación del trimestre más cálido y precipitación del trimestre más frío. Se usó el software MaxEnt. El modelo fue evaluado con el método de 'ROC parcial' usando el programa Tool for Partial-ROC versión 1.0. El archivo de salida fue reclasificado para obtener solo dos categorías, una de presencia y otra de ausencia. El modelo reclasificado fue recortado con archivos vectoriales de municipios para eliminar áreas sobrestimadas por efecto del área usada para modelar.
    4. Precisión de los atributos espaciales
    5. Procesamiento

      Fuentes:

      • Hijmans, R. J., S. Cameron, J. Parra, A. Jarvis, K. Richardson, (2005), 'Global Climate Data', Escala 1:1000000. versión: 1.4, University of California, Berkeley. U.S.A. Para información de los métodos usados para generar las capas climáticas y las unidades y formato de los datos revisar el siguiente artículo: Hijmans, R.J., S.E. Cameron, J.L. Parra, P.G. Jones and A. Jarvis, 2005. Very high resolution interpolated climat, http://www.worldclim.org

      • CNA, (1998), 'Cuencas hidrológicas', Escala 1:250000. Comisión Nacional del Agua, México.http://www.conabio.gob.mx/informacion/gis/?vns=gis_root/hidro/chidro/cue250kgw.

      • INEGI, (1998), 'Marco Geoestadístico Nacional', Escala 1:250000. versión: 1.0, Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática, México.www.inegi.org.mx.

      • J. F. Charre-Medellín, Monterrubio-Rico, T. C., (2015/06/15), 'Distribución potencial de las especies de la familia Psittacidae en México', versión: 1, Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, Facultad de Biología, Michoacán, México. Bases de datos SNIB-CONABIO proyecto No. JM018,

      • Howell, S. N. G., (1999), 'A Bird-Finding Guide to Mexico.', Cornell University Press, Ithaca, New York.

      • Altamirano-González, M. A., (2004), 'Obtención de la riqueza de aves y selección de especies susceptibles de monitoreo en La zona noroeste en el estado de Chiapas.', Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad, México. Obtención de la riqueza de aves y selección de especies susceptibles de monitoreo en La zona noroeste en el estado de Chiapas. Instituto de Historia Natural y Ecología. Bases de datos SNIB-CONABIO proyectos No. Y 18.,

      • Espinoza-Medinilla, E. E., (1998), 'Colección zoológica regional del sureste de México. Fase I (Estado de Chiapas).', Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad, México. Colección zoológica regional del sureste de México. Fase I (Estado de Chiapas). Secretaría de Medio Ambiente, Vivienda e Historia Natural. Bases de datos SNIB-CONABIO proyectos No. P 60.,

      • León-Paniagua, L., (1999), 'Distribución geográfica de las aves y los mamíferos del estado de Querétaro.', Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad, México. Distribución geográfica de las aves y los mamíferos del estado de Querétaro. Universidad Nacional Autónoma de México, Facultad de Ciencias. Bases de datos SNIB-CONABIO proyectos No. H 160., Universidad Nacional Autónoma de México, Facultad de Ciencias. Bases de datos SNIB-CONABIO proyectos No. H 160.

      • Morales-Pérez, J. E., (2000), 'Avifauna de la Reserva de la Biosfera La Sepultura, Chiapas.', Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad, México. Avifauna de la Reserva de la Biosfera La Sepultura, Chiapas. Secretaría de Medio Ambiente, Vivienda e Historia, División Académica de Ciencias Biológicas. Bases de datos SNIB-CONABIO proyectos No. L 18.,

      • Navarro-Sigüenza, A. G., (2004), 'Base de datos de aves mexicanas del Natural History Museum, Tring, Inglaterra.', Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad, México. Universidad Nacional Autónoma de México, Facultad de Ciencias. Bases de datos SNIB-CONABIO proyectos No. V 9.,

      • Navarro-Sigüenza, A. G., (2011/11), 'Atlas de las Aves de México: Fase II.', Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad, México. Universidad Nacional Autónoma de México, Facultad de Ciencias. Bases de datos SNIB-CONABIO proyectos No. E 18.,

      • Ornelas-Rodríguez, J. F., (1999), 'Vocalizaciones de aves mexicanas en análisis biogeográficos y reconstrucción filogenética.', Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad, México.

      • GBIF, (2010), 'Avian Knowledge NetWork.', Global Biodiversity Information Facility, México. Datos pertenecientes al Sistema Nacional de Biodiversidad, www.gbif.org.

      Procedimientos:

      • No aplica: Se integró una base de Psittacara holochlorus con 204 datos. Los datos fueron visualizados y convertidos a un archivo de formato shapefile en ArcMap Version 9.3 para revisar y eliminar los registros dudosos o fuera de la distribución general reconocida, posteriormente se extrajo la información ambiental de cada dato sobre las 19 variables de Worldclim y se exportó a un formato de hoja de cálculo para graficarla y revisar la distribución de los datos, y eliminar los registros claramente fuera de los intervalos ambientales reconocidos en la literatura así como de acuerdo al conocimiento de expertos en el tema. El conjunto de datos depurados final fue de 187 coordenadas únicas. Posteriormente el conjunto de datos fue convertido a un formato shapefile y visualizado en el SIG para separar dos subconjuntos de datos que se dividieron siguiendo un criterio de bandas latitudinales de 15 km de ancho, seleccionando los datos por bandas alternadas, para usar 52.41% para modelar y 47.59% para validar. El área a modelar (m) se obtuvo con base en la dispersión geográfica de los datos y su asociación a cuencas hidrológicas, el archivo vectorial generado fue usado para acotar la información de las variables climáticas. Se usaron las variables climáticas de Worldclim con correlación promedio menor a 25%. Las variables fueron convertidas de un formato raster a un formato ASCII grid. Se usó el software MaxEnt, versión 3.3.3. El porcentaje de registros usados para entrenamiento del modelo fue de 100%. Se activaron las opciones 'Create response curves' y 'Do jacknife to measure variable importance'. En Settings (Advanced) se desactivó la opción 'Do campling'. El formato de salida seleccionado fue 'Logistic, el modelo de salida fue convertido a raster. El modelo fue evaluado con el método de 'ROC parcial', usando el programa Tool for Partial-ROC versión 1.0. Los dos subconjuntos de datos separados (archivos de presencia) fueron contrastados con el modelo reclasificado en probabilidades, para obtener los valores sobre los que coinciden los puntos (valor de adecuación). También se extrajo el número de objetos asociados a los distintos valores de adecuación, dividido entre el total de objetos del modelo. Los archivos se prepararon en formato CSV. Se usó una proporción de puntos para 'Bootstrap' de 50%, el número de muestra con remplazo fue de 1000, y el umbral de omisión usado fue de 95%. Se promedió el valor de radio de las 1000 iteraciones de los datos usados para el entrenamiento y prueba de los modelos, y se calculó la probabilidad de que el valor fuera menor o igual a 1, mediante una prueba de z. Se consideran buenos modelos, aquellos cuyos valores promedio de radio sean mayores a 1 y con probabilidad de 0. Se hizo una reclasificación para convertir el modelo en binario, para lo que se consideraron los valores de omisión y comisión, para lo cual se usó un valor de corte de 0.033 correspondiente a 'Minimum training presence', para así obtener un archivo raster con solo dos categorías: presencia y ausencia. Después de la reclasificación, se eliminaron áreas de presencia que excedieron los límites de la dispersión de los datos, para lo cual se usaron archivos vectoriales de municipios.

    6. Porcentaje del área de estudio cubierta por nubes
  3. Atributos espaciales
    1. Representacion espacial
    2. Método de representacion espacial
      Vector
    3. Información de vectores y puntos
      Descripción SDTS (Spatial Data Transfer Standard - Spatial Data Concepts):
      Tipo de objetos punto y vectores:
      G-polygon
      Número de puntos o vectores:
      2811
    4. Información de imágenes
  4. Sistema de referencia
    1. Sistema de coordenadas (horizontal)
      Geográficas:
      Resolución de la latitud:
      0.0174532925199433
      Resolución de la longitud:
      0.0174532925199433
      Unidades de las coordenadas Geográficas:
      Decimal degrees
      Modelo geodésico:
      Datum horizontal:
      WGS84
      Elipsoide:
      WGS84
      Semieje mayor:
      6378137.000000
      Denominador del factor de achatamiento:
      298.257224
    2. Sistema de coordenadas (vertical)
  5. Atributos no espaciales
    1. Descripción detallada

      Nombre: PHO018DPHGW.DBF

      Definición: La tabla contiene valores de 0 equivalente a ausencia y 1 a presencia de la especie

      Fuente: No conocido

      Atributo Descripción Fuente [1] Dominio [2] Precisión [3]
      Value Numérico Datos del proyecto Indica como 1 valores de presencia de la especie y como 0 valores de ausencia. -
    2. Descripción resumida
  6. Distribución de la información
    1. Información de contacto

      Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica

      ssig@conabio.gob.mx

      Subcoordinador de Sistemas de Información Geográfica


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 50045012 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    2. Nombre de referencia
      pho018dphgw
    3. Responsabilidad
      La Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica de la CONABIO solo se hace responsable de la información presentada en el mapa y se deslinda del uso que se le de a la misma.
    4. Medios de distribución

      Digitales:

      Precio: Acceso libre sin ningún cargo al público en general.

    5. Medios de distribución especiales
    6. Requisitos técnicos
      Tener Arc-Info, Arcview o sistemas compatibles, en caso que existan se pueden visualizar en Google Earth KML y/o conexión al servicio WMS.
    7. Disponibilidad
  7. Acerca de este documento
    1. Fecha de creación o última actualización
      15-06-2015
    2. Fecha de última revisión
    3. Fecha de la siguiente revisión
    4. Información de contacto

      Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica

      ssig@conabio.gob.mx

      Administrador de Metadatos


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 01 55 5004 5012 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    5. Nombre del estándar de contenido
      FGDC Biological Data Profile of the Content Standard for Digital Geospatial Metadata
    6. Versión del estándar de contenido
      FGDC-STD-001.1-1999
    7. Uso horario
    8. Condiciones de acceso
    9. Condiciones de uso
    10. Restricciones de seguridad o privacidad
    11. Extensiones
COMISIÓN NACIONAL PARA EL CONOCIMIENTO Y USO DE LA BIODIVERSIDAD

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